bioinfo
手元のfastaファイルをまずはアミノ酸に翻訳. 使うのはTransDecoder. Home · TransDecoder/TransDecoder Wiki · GitHub だいたい読めばわかる. 2ステップで,手元ファイルを変換する. TransDecoder.LongOrfs -t hoge.fa TransDecoder.Predict -t hoge.fa …
ID処理でよく使う. perl -pe 's/^(共通接頭辞\.\d+)\.\d+/$1/' ^は1カラムめのときだけ.
テキストファイルをゴニョゴニョしているときに, ^M が入っていて困ったことがあったので,備忘録として. vimにて :%s/検索文字列/置換文字列/g を改変して, :%s/^M//g ただし,^Mは制御コードなので, cntl+vを押して^を入力し,cntl+M と入力する.最初…
vimのメモ帳 指定した文字列を含む行を削除するには :g/消したい文字列/d でOK. 逆に,指定した文字列を含まない行を削除するには, :v/残したい文字列/d で.
homebrew でscienceのbioinfoソフト関連が上手く行かなくなった. brew tap brewsci/science で解決.
ログをみるとgccだが何かがおかしいらしい. ということで, export CXX=g++-4.9 としてから make して終了. 昔,gccをいじったことがいけなかったのかなー.
Rが3.2.xに上がって様子見をしていたが、3.2.1が出たのでインストールした。
ターミナルのデフォはbashだけどzshにしようかな。 そんなことをしていたら日曜日が終わりかけた。 zshの方がべんりとかあるのだろうか。
落としてきたfastaファイルのクオリティをチェックしようとしたが、 fastq形式でないとダメらしい。 元をたどってfastqファイルを探したが見つからず。 情弱か。
Rをver.3.1.3にした。 CRANのパッケージ install.packages("limma") install.packages("samr") install.packages("seqinr") Bioconductorのパッケージ source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("baySeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("bi…