sapphire_graph

スナップとか雑感とかを書き連ねたもの

文字列の削り取り

IDのリストなどで,後ろの方を削りたいときがある. 例えば,Trinityをかけて,TransDecoderでアミノ酸配列にしたときなど. abcdef という文字列で,bcdだけ欲しい時, cut -c 2-4 でいける. 変にシェル芸使うより楽. 余計なものが入っていても,エディタ…

スペース殺してタブ置換

sed -e 's/ [ ]*/☆ /g' ファイル名 ☆にはcntl+vおしてから,tab を入力.

vimでファイル中のスペースをタブに置換する.

perlとかrubyでもできると思うが,こちらになれているので. :%!unexpand -a でスペースをタブに置換できる. 逆に, :%!expand でタブをスペースにできる.

vimで置換操作

vimで置換処理. AをBにしたいとき. :%s/A/B/g vimを少しずつ覚えていきたい.

手元のfastaファイルをアミノ酸に翻訳して,ターゲット配列をhmmserchで釣る

手元のfastaファイルをまずはアミノ酸に翻訳. 使うのはTransDecoder. Home · TransDecoder/TransDecoder Wiki · GitHub だいたい読めばわかる. 2ステップで,手元ファイルを変換する. TransDecoder.LongOrfs -t hoge.fa TransDecoder.Predict -t hoge.fa …

perlワンライナーでID整理

ID処理でよく使う. perl -pe 's/^(共通接頭辞\.\d+)\.\d+/$1/' ^は1カラムめのときだけ.

vimで^M(改行コード)を一括削除

テキストファイルをゴニョゴニョしているときに, ^M が入っていて困ったことがあったので,備忘録として. vimにて :%s/検索文字列/置換文字列/g を改変して, :%s/^M//g ただし,^Mは制御コードなので, cntl+vを押して^を入力し,cntl+M と入力する.最初…

vimで指定した文字列を含む行を消す

vimのメモ帳 指定した文字列を含む行を削除するには :g/消したい文字列/d でOK. 逆に,指定した文字列を含まない行を削除するには, :v/残したい文字列/d で.

homebrewのつまずき

homebrew でscienceのbioinfoソフト関連が上手く行かなくなった. brew tap brewsci/science で解決.

trinityのコンパイルにコケる

ログをみるとgccだが何かがおかしいらしい. ということで, export CXX=g++-4.9 としてから make して終了. 昔,gccをいじったことがいけなかったのかなー.

Rの更新

Rが3.2.xに上がって様子見をしていたが、3.2.1が出たのでインストールした。

bash→zsh

ターミナルのデフォはbashだけどzshにしようかな。 そんなことをしていたら日曜日が終わりかけた。 zshの方がべんりとかあるのだろうか。

FastQC

落としてきたfastaファイルのクオリティをチェックしようとしたが、 fastq形式でないとダメらしい。 元をたどってfastqファイルを探したが見つからず。 情弱か。

Rのインストール

Rをver.3.1.3にした。 CRANのパッケージ install.packages("limma") install.packages("samr") install.packages("seqinr") Bioconductorのパッケージ source("http://bioconductor.org/biocLite.R") biocLite("baySeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("bi…