Rの更新

Rが3.2.xに上がって様子見をしていたが、3.2.1が出たのでインストールした。

#(Rで)塩基配列解析で主に利用

install.packages("PoissonSeq")

install.packages("samr")

#(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用

install.packages("seqinr")

#(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用 #(Rで)マイクロアレイデータ解析で利用

install.packages("cclust")

install.packages("class")

install.packages("e1071")

install.packages("GeneCycle")

install.packages("gptk")

install.packages("GSA")

install.packages("mixOmics")

install.packages("pvclust")

#install.packages("RobLoxBioC")

install.packages("som")

install.packages("st")

install.packages("varSelRF")

#アグリバイオの他の講義科目で利用予定

install.packages("ape")

install.packages("cluster")

install.packages("fields")

install.packages("KernSmooth")

install.packages("mapdata")

install.packages("maps")

install.packages("MASS")

install.packages("MVA")

install.packages("RCurl") #2015.07.24追加

install.packages("rgl")

install.packages("scatterplot3d")

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない

#(Rで)塩基配列解析で主に利用

biocLite("baySeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("biomaRt", suppressUpdates=TRUE)

#(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用

biocLite("Biostrings", suppressUpdates=TRUE)

#(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用

biocLite("BiSeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("BSgenome", suppressUpdates=TRUE) biocLite("bsseq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("ChIPpeakAnno", suppressUpdates=TRUE) biocLite("chipseq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("ChIPseqR", suppressUpdates=TRUE) biocLite("ChIPsim", suppressUpdates=TRUE) biocLite("cosmo", suppressUpdates=TRUE) biocLite("CSAR", suppressUpdates=TRUE) biocLite("DEGseq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("DESeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("DESeq2", suppressUpdates=TRUE) biocLite("DiffBind", suppressUpdates=TRUE) biocLite("doMC", suppressUpdates=TRUE) biocLite("EBSeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("EDASeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("edgeR", suppressUpdates=TRUE) biocLite("GenomicAlignments", suppressUpdates=TRUE) biocLite("GenomicFeatures", suppressUpdates=TRUE) biocLite("ggplot2", suppressUpdates=TRUE) biocLite("girafe", suppressUpdates=TRUE) biocLite("impute", suppressUpdates=TRUE) biocLite("limma", suppressUpdates=TRUE)#(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用 biocLite("maSigPro", suppressUpdates=TRUE)#(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用 biocLite("MBCluster.Seq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("htSeqTools", suppressUpdates=TRUE) biocLite("NBPSeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("phyloseq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("PICS", suppressUpdates=TRUE) biocLite("qrqc", suppressUpdates=TRUE) biocLite("QuasR", suppressUpdates=TRUE) biocLite("r3Cseq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("REDseq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("rGADEM", suppressUpdates=TRUE) biocLite("rMAT", suppressUpdates=TRUE) biocLite("Rsamtools", suppressUpdates=TRUE) biocLite("rtracklayer", suppressUpdates=TRUE) biocLite("segmentSeq", suppressUpdates=TRUE) biocLite("SeqGSEA", suppressUpdates=TRUE) biocLite("seqLogo", suppressUpdates=TRUE) biocLite("ShortRead", suppressUpdates=TRUE) biocLite("SplicingGraphs", suppressUpdates=TRUE) biocLite("SRAdb", suppressUpdates=TRUE) biocLite("TCC", suppressUpdates=TRUE) #(Rで)マイクロアレイデータ解析でも利用 biocLite("TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene", suppressUpdates=TRUE) biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene", suppressUpdates=TRUE) biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene", suppressUpdates=TRUE) biocLite("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene", suppressUpdates=TRUE) biocLite("TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene", suppressUpdates=TRUE) #biocLite("yeastRNASeq", suppressUpdates=TRUE) #(Rで)マイクロアレイデータ解析で利用 biocLite("affy", suppressUpdates=TRUE) biocLite("agilp", suppressUpdates=TRUE) biocLite("annotate", suppressUpdates=TRUE) biocLite("ArrayExpress", suppressUpdates=TRUE) biocLite("beadarray", suppressUpdates=TRUE) biocLite("BeadDataPackR", suppressUpdates=TRUE) biocLite("betr", suppressUpdates=TRUE) biocLite("BHC", suppressUpdates=TRUE) biocLite("Category", suppressUpdates=TRUE) biocLite("clusterStab", suppressUpdates=TRUE) biocLite("DNAcopy", suppressUpdates=TRUE) biocLite("frma", suppressUpdates=TRUE) biocLite("gage", suppressUpdates=TRUE) biocLite("gcrma", suppressUpdates=TRUE) biocLite("genefilter", suppressUpdates=TRUE) biocLite("GEOquery", suppressUpdates=TRUE) biocLite("GLAD", suppressUpdates=TRUE) biocLite("globaltest", suppressUpdates=TRUE) biocLite("golubEsets", suppressUpdates=TRUE) biocLite("GSEABase", suppressUpdates=TRUE) biocLite("hgu133a.db", suppressUpdates=TRUE) biocLite("hgu133plus2probe", suppressUpdates=TRUE) biocLite("hgug4112a.db", suppressUpdates=TRUE) biocLite("illuminaMousev2.db", suppressUpdates=TRUE) biocLite("lumi", suppressUpdates=TRUE) biocLite("marray", suppressUpdates=TRUE) biocLite("inSilicoDb", suppressUpdates=TRUE) biocLite("Mulcom", suppressUpdates=TRUE) biocLite("multtest", suppressUpdates=TRUE) biocLite("OCplus", suppressUpdates=TRUE) biocLite("org.Hs.eg.db", suppressUpdates=TRUE) biocLite("Pathview", suppressUpdates=TRUE) biocLite("pcot2", suppressUpdates=TRUE) biocLite("PGSEA", suppressUpdates=TRUE) biocLite("plier", suppressUpdates=TRUE) biocLite("puma", suppressUpdates=TRUE) biocLite("RankProd", suppressUpdates=TRUE) biocLite("rat2302.db", suppressUpdates=TRUE) biocLite("rat2302probe", suppressUpdates=TRUE) biocLite("safe", suppressUpdates=TRUE) biocLite("SAGx", suppressUpdates=TRUE) biocLite("sigPathway", suppressUpdates=TRUE) biocLite("SpeCond", suppressUpdates=TRUE) biocLite("SPIA", suppressUpdates=TRUE) biocLite("topGO", suppressUpdates=TRUE) biocLite("vsn", suppressUpdates=TRUE)

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")#おまじない biocLite("BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9", suppressUpdates=TRUE)#シロイヌナズナゲノム biocLite("BSgenome.Celegans.UCSC.ce6", suppressUpdates=TRUE)#線虫ゲノム biocLite("BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7", suppressUpdates=TRUE)#ゼブラフィッシュゲノム biocLite("BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", suppressUpdates=TRUE)#ヒトゲノム(GRCh38) biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", suppressUpdates=TRUE)#ヒトゲノム(hg19) biocLite("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10", suppressUpdates=TRUE)#マウスゲノム(mm10)

ソースはまた門田先生のページ

http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#about_install