Rのインストール
Rをver.3.1.3にした。
CRANのパッケージ
install.packages("limma")
install.packages("samr")
install.packages("seqinr")
Bioconductorのパッケージ
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("baySeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("biomaRt", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("Biostrings", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BiSeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BSgenome", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("bsseq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("ChIPpeakAnno", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("chipseq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("ChIPseqR", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("ChIPsim", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("cosmo", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("CSAR", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("DEGseq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("DESeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("DESeq2", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("DiffBind", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("doMC", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("EBSeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("EDASeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("edgeR", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("GenomicAlignments", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("GenomicFeatures", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("ggplot2", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("girafe", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("maSigPro", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("MBCluster.Seq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("htSeqTools", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("NBPSeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("phyloseq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("PICS", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("qrqc", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("QuasR", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("r3Cseq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("REDseq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("rGADEM", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("rMAT", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("Rsamtools", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("rtracklayer", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("segmentSeq", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("SeqGSEA", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("seqLogo", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("ShortRead", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("SplicingGraphs", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("SRAdb", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("TCC", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("yeastRNASeq", suppressUpdates=TRUE)
ゲノムセット
source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("BSgenome.Celegans.UCSC.ce6", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10", suppressUpdates=TRUE)
biocLite("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9", suppressUpdates=TRUE)
アラビトプシスは省いた。必要なさそうだしね。
門田先生のサイトを見ながらやった。