sapphire_graph

スナップとか雑感とかを書き連ねたもの

Rのインストール

Rをver.3.1.3にした。

CRANのパッケージ

install.packages("limma")

install.packages("samr")

install.packages("seqinr")

 

Bioconductorのパッケージ

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("baySeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("biomaRt", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("Biostrings", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BiSeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BSgenome", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("bsseq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("ChIPpeakAnno", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("chipseq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("ChIPseqR", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("ChIPsim", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("cosmo", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("CSAR", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("DEGseq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("DESeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("DESeq2", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("DiffBind", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("doMC", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("EBSeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("EDASeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("edgeR", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("GenomicAlignments", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("GenomicFeatures", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("ggplot2", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("girafe", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("maSigPro", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("MBCluster.Seq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("htSeqTools", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("NBPSeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("phyloseq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("PICS", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("qrqc", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("QuasR", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("r3Cseq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("REDseq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("rGADEM", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("rMAT", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("Rsamtools", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("rtracklayer", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("segmentSeq", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("SeqGSEA", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("seqLogo", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("ShortRead", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("SplicingGraphs", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("SRAdb", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("TCC", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("TxDb.Celegans.UCSC.ce6.ensGene", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("TxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("TxDb.Rnorvegicus.UCSC.rn5.refGene", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("yeastRNASeq", suppressUpdates=TRUE)

ゲノムセット

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("BSgenome.Celegans.UCSC.ce6", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BSgenome.Drerio.UCSC.danRer7", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BSgenome.Hsapiens.NCBI.GRCh38", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10", suppressUpdates=TRUE)

biocLite("BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9", suppressUpdates=TRUE)

アラビトプシスは省いた。必要なさそうだしね。

門田先生のサイトを見ながらやった。