Vimで行頭のスペースを削除してきれいにする．

hmmerとかで作ったファイルをきれいにしたいときに．

vimで

:%left

%は全体で，leftで左寄せのイメージ．

文字列の削り取り

IDのリストなどで，後ろの方を削りたいときがある．

例えば，Trinityをかけて，TransDecoderでアミノ酸配列にしたときなど．

abcdef

という文字列で，bcdだけ欲しい時，

cut -c 2-4

でいける．

変にシェル芸使うより楽．

余計なものが入っていても，エディタで消せば解決．

スペース殺してタブ置換

sed -e 's/ [ ]*/☆ /g' ファイル名

☆にはcntl+vおしてから，tab

を入力．

vimでファイル中のスペースをタブに置換する．

perlとかrubyでもできると思うが，こちらになれているので．

:%!unexpand -a

でスペースをタブに置換できる．

逆に，

:%!expand

でタブをスペースにできる．

vimで置換操作

vimで置換処理．

AをBにしたいとき．

:%s/A/B/g

vimを少しずつ覚えていきたい．

手元のfastaファイルをアミノ酸に翻訳して，ターゲット配列をhmmserchで釣る

手元のfastaファイルをまずはアミノ酸に翻訳．

使うのはTransDecoder.

Home · TransDecoder/TransDecoder Wiki · GitHub

だいたい読めばわかる．

2ステップで，手元ファイルを変換する．

TransDecoder.LongOrfs -t hoge.fa

TransDecoder.Predict -t hoge.fa

デフォルトだと100アミノ酸以上の配列しか作れないので，

必要に応じて，-mのオプションでいじる必要あり．

次に，翻訳したアミノ酸配列から，欲しい配列をとってくる．

例えば，gapdhが欲しいとする．

https://pfam.xfam.org

に飛んで，Keyword searchにgapdhと入力する．

こんな感じの画面が出てくるので，試しにGp_dh_Nをクリックする．

そして，Curation & modelをクリックする．

downloadをクリックすればOK．

txtファイルが手に入る．

先程，TransDecoderで翻訳したファイルがあるディレクトリにこのtxtファイルを移動して，

hmmsearch Gp_dh_N.hmm.txt hoge.fa.transdecoder.pep |less

とすればOK．

perlワンライナーでID整理

ID処理でよく使う．

perl -pe 's/^(共通接頭辞\.\d+)\.\d+/$1/'

^は1カラムめのときだけ．